Analisis in Silico senyawa minyak atsiri pada Cymbopogon Citratus terhadap main protease SARS-COV-2

Pandemi COVID-19 akibat virus SARS-COV-2 mendorong pencarian obat antivirus yang efektif. Salah satu target terapinya adalah enzim Main Protease (Mpro), yang berperan penting dalam replikasi virus dan tidak memiliki homolog pada sel manusia. Cymbopogon citratus (serai dapur) diketahui mengandung senyawa minyak atsiri yang bersifat antimikroba dan antivirus. Penelitian ini bertujuan mengevaluasi potensi interaksi senyawa minyak atsiri C. citratus terhadap protein Mpro SARS-COV-2 dengan metode in silico. Sebanyak sembilan senyawa diuji, yaitu: Citral, Isoneral, Isogeranial, Geraniol, Geranil asetat, Citronellal, Citronellol, Germacrene-D, dan Elemol, dengan Nirmatrelvir sebagai kontrol. Prosedur penelitian meliputi skrining toksisitas dan kelayakan berdasarkan Hukum 5 Lipinski. Preparasi protein target dan penambatan molekuler dialakukan menggunakan AutoDockTools lalu visualisasi interaksi dengan Discovery Studio Visualizer. Setiap ligan ditambatkan sebanyak 50 kali untuk memperoleh rerata dan standar deviasi nilai afinitas. Hasil menunjukkan Germacrene-D memiliki nilai afinitas terbaik (-6,3 kcal/mol), diikuti oleh Elemol (-5,6 kcal/mol) dan Isoneral (-5,2 kcal/mol). Isoneral dan Elemol berinteraksi langsung dengan residu katalitik His41 dan Cys145 Mpro, dengan standar deviasi rendah (0,178 dan 0,234), menunjukkan interaksi yang stabil. Dengan demikian, senyawa minyak atsiri dari C. citratus yaitu Isoneral dan Elemol, menunjukkan potensi sebagai kandidat inhibitor Mpro SARS-COV-2 dan layak ditindaklanjuti melalui studi in vitro dan in vivo.