Optimasi Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) pada karakterisasi molekular Maja (Aegle marmelos (L.) Corr.) di Kabupaten dan Kota Mojokerto

Maja (Aegle marmelos L.) merupakan tanaman dengan kearifan lokal berawal dari sebuah cerita di Kerajaan Majapahit. Hingga saat ini mudah ditemukan dan dijumpai di kawasan Mojokerto. Maja dianggap memiliki manfaat sebagai obat-obatan tradisional, akan tetapi termasuk tanaman yang paling diabaikan dan kurang perawatan. Status maja masuk kategori spesies Rare, Endangered and Threatened (RET) sehingga data publikasi maja sangat minim. Upaya yang dapat dilakukan untuk mencegah kepunahan maja adalah konservasi genetik salah satunya menggunakan penanda molekular Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD). Tujuan penelitian ini untuk mengetahui hasil optimasi berdasarkan penanda RAPD pada sampel daun maja. Penelitian ini bersifat observasional deskriptif kualitatif dengan jumlah sampel 15 diambil dari kecamatan yang berbeda-beda. Metode penelitian ini yaitu berdasarkan analisis RAPD menggunakan primer OPA 1-10. Tahapan analisis yaitu isolasi dan spektrofotomeri, amplifikasi PCR, running elektroforesis serta visualisasi gel documentation. Hasil keseluruhan optimasi, primer dapat mengamplifikasi pada progam PCR 94oC: 5 m, 94oC: 1 m, 36oC: 1,5 m, 72oC: 2 m, 72oC: 7 m di sampel 2 dan 13 pengenceran. Simpulan penelitian ini memberikan informasi bahwa metode RAPD menunjukkan sampel daun maja tidak dapat teramplifikasi oleh primer OPA 1-10. Hal ini disebabkan karena tidak adanya kecocokan antara sekuens primer OPA 1-10 dengan sekuens whole genom daun maja. Primer yang paling baik digunakan pada penelitian ini adalah OPA 4, OPA 8, dan OPA 10 karena masing-masing menghasilkan band monomorfik.