Optimasi amplifikasi ITS rDNA Khamir menggunakan metode PCR yang diisolasi dari sarang Lebah Madu Raksasa (apis dorsata)

Khamir merupakan salah satu jenis mikroorganisme uniselular yang dapat diperoleh dari sarang lebah madu seperti sarang lebah Apis dorsata yang selama ini belum banyak diteliti. Identifikasi pada isolat khamir dapat dilakukan dengan metode molekular menggunakan data sekuen gen yang terdapat pada rDNA salah satunya gen ITS. Keberhasilan identifikasi pada metode molekular dapat dipengaruhi oleh ekstraksi DNA dan amplifikasi DNA khamir harus dalam kondisi optimal. Oleh karena itu diperlukan optimalisasi dari metode ekstraksi DNA dan berbagai protokol amplifikasi agar diperoleh hasil yang baik. Tujuan penelitian ini yaitu mengetahui perbandingan hasil ekstraksi DNA dengan variasi suhu dan amplifikasi dari berbagai protokol PCR yang berbeda. Penelitian ini menggunakan protokol ekstraksi DNA referensi dari LIPI dengan variasi waktu inkubasi 10, 15, dan 20 menit pada suhu 98oC. Sedangkan amplifikasi DNA khamir menggunakan protokol dari Ediningsari (2008), Maulana (2011), dan Atit et al, (2018). Hasil dari penelitian diperoleh waktu yang paling optimal digunakan untuk ekstraksi DNA khamir dari sarang lebah Apis dorsata yaitu 10 menit yang di tunjukkan pada isolat K1 dengan konsentrasi 2.646 µl/mg dan kemurnian 1.896 dan isolat K4 dengan konsentrasi 1.052 µl/mg dan kemurnian 1.748. Hasil amplifikasi dari ketiga protokol menunjukkan panjang pita DNA yang berbeda-beda dan tidak semua isolat menghasilkan pita DNA. Protokol yang menghasilkan pita DNA pada semua isolat yaitu Atit et al (2018) dengan panjang pita masing-masing yaitu 503, 542, 492, dan 526 bp.