Optimasi Ekstraksi dan Amplifikasi DNA Khamir pada Sarang Lebah Madu Tetragonula sp. menggunakan teknik PCR (Polymerase Chain Reaction) untuk identifikasi spesies

Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan salah satu teknik dalam analisis molekular yang dapat digunakan untuk mengidentifikasi suatu spesies. Identifikasi secara molekular berbasis PCR perlu dilakukan pada spesies khamir yang berada di sarang lebah madu Tetragonula sp. karena spesies khamir yang berada di lokasi tersebut belum terindetifikasi secara maksimal. Keberhasilan proses identifikasi khamir menggunakan teknik ini tergantung pada kuantitas dan kualitas sampel DNA pada tahapan ekstraksi serta kondisi reaksi pada tahapan amplifikasi. Oleh karena itu, proses optimasi sangat diperlukan untuk memastikan parameter penting dalam kedua tahapan tersebut memberikan hasil yang maksimal. Tujuan dilakukannya penelitian ini adalah untuk menentukan kondisi optimum proses ekstraksi dan amplifikasi DNA khamir menggunakan teknik PCR. Sebanyak empat sampel isolat khamir yang berasal dari sarang lebah madu Tetragonula sp. diekstraksi dan diamplifikasi menggunakan 4 metode dan 4 protokol yang berbeda. Seluruh hasil yang didapat tersebut dibandingkan berdasarkan beberapa parameter, meliputi kadar konsentrasi dan kemurnian DNA serta ukuran DNA. Hasil penelitian menunjukkan bahwa metode ekstraksi boiling cell dari InaCC LIPI mampu menghasilkan DNA dengan konsentrasi yang tinggi yaitu berkisar antara 25 hingga 102 µg/ml dengan tingkat kemurnian yang baik yaitu 1.8-2.4, dibandingkan dengan tiga metode lainnya. Sementara kondisi paling optimum dalam proses amplifikasi DNA khamir dilakukan berdasarkan protokol dari Maulana (2011) dan InaCC LIPI, yang mampu mengamplifikasi tiga dari empat sampel khamir dan menghasilkan pendaran fragmen DNA yang tebal, jelas, dan terang dengan ukuran 436-583 bp.